L’Amnli è stata fondata il 12 giugno del 1950 con l'obiettivo di dare impulso e promuovere l'incremento delle raccolte, la ricerca scientifica e le attività culturali e la valorizzazione delle funzioni e della professionalità dei quadri scientifici operanti nei musei. Questi obiettivi risultano ancora oggi fondamentali per ogni amministrazione che consideri centrali nella propria azione di governo la cultura, in senso generale, e nello specifico la conoscenza dei beni culturali come forma di educazione, tesa a sviluppare il senso di appartenenza.
"Siamo onorati che il nostro sistema museale sia stato accolto nell'associazione nazionale musei – ha commentato l’assessore alla cultura Eleonora Caponi – ed auspichiamo che l’ingresso nell’Amli contribuisca a quell'opera di valorizzazione e promozione che questa amministrazione ha avviato.
Il fatto che la nostra richiesta di adesione sia stata accolta e motivata “dalla constatazione delle ricchezza e dell’importanza del Vostro patrimonio civico” è un’ulteriore, prestigiosa attestazione della rilevante e apprezzabile attività didattica che i nostri musei svolgono. Entrano in questo circuito il Museo della Collegiata, quello del Vetro e la Casa del Pontormo».